Frågor Och Svar Med Embarks Veterinärgenetiker, Dr. Erin Chu

Dr. Erin Chu, är en veterinärgenetiker i Embark Veterinary, en doktor i veterinärmedicin, en doktor i molekylär genetik från Cornell University och en hundmamma till en Labrador-Shepherd-Chow Chow-blandning, Shiloh.

Vi hade några brännande frågor om hund-DNA-tester, och vi känner oss välsignade över att ha hittat en specialist att svara på! Vi är så glada att Dr. Chu tog lite tid utanför sitt hektiska schema för att svara på våra hund-DNA-förfrågningar och hjälpa oss att bättre förstå hur det fungerar. Fortsätt läsa för att ta reda på mer om hur man blir genetiker, hur sanna hund-DNA-tester är, hur de skiljer sig från människor och mycket mer när vi gräver djupare i detta ämne.

Vad är En Veterinärgenetiker Och Vad Gör De?

Jag gör lite av allt! Typ av en Jill of all trades.

Jag hjälper Embark-klienter att översätta sina resultat, oavsett om de försöker se hur de stammar som vi känner igen har kommit ihop för att göra deras distinkta sköldmutt, eller när de är en uppfödare som försöker maximera egenskaperna eller den genetiska hälsan hos deras nästa kull.

Jag är en kontaktpunkt för våra forskningssamarbetare. Vi har många veterinärer, uppfödare och forskare som vill använda våra lösningar för att främja sin vetenskap. Jag är utbildad som en molekylär genetiker (jag tar min doktorsexamen i molekylär genetik den här säsongen), så att jag också hjälper till i den våta labbaspekten av vårt jobb . Detta innebär att validera några av våra chip*-resultat och optimera våra DNA-insamlings- och extraktionsprocesser. *DNA:t i salivprovet dras och prepareras från laboratoriet och körs sedan på Embarksingle nucleotide polymorphisms (SNP)-chipet.

Jag skriver pedagogiskt och medicinskt innehåll som visas på våra produktsidor och i vår blogg. Dessutom representerar jag Embark på veterinärskolor, kongresser och sjukhus samt speciella evenemang som Animal Planets Puppy Bowl 2017, som har varit en hel explosion.

Hur Kan Man Bli Veterinärgenetiker?

Att vara veterinär, vara utbildad i medicinsk genetik och vara redo att söka möjligheter i icke-traditionella veterinärjobb, skulle allt passa. Från den punkten är det vad dina förmågor är. Vår andra lurviga genetiker, Kate Robinson, har en lite annorlunda uppsättning jobb. Hon har mer erfarenhet av uppfödare och rasklubbar än jag, därför arbetar hon mycket mer med dem än jag. Hon är också utbildad kliniskt samtidigt som jag har en naturvetenskaplig bakgrund, så hon hanterar frågor av mer klinisk karaktär.

Hur Skiljer Sig DNA-tester För Hundar Från DNA-tester Hos Människor?

Det gör det inte riktigt, verkligen. Skillnaden kan hittas i den offentliga strukturen för tamhunden kontra människan. Till skillnad från människor utvecklas tamhundraser genom kraftigt positivt urval för specifika egenskaper. Till exempel de söta korta benen på denna tax, eller Border Colliens vallfärdighet. På molekylär nivå har detta resulterat i valet av enorma DNA-sträckor, har också försett varje hundras med deras speciella par av genetiska signaturer, eller exakt vilka genomiker telefoner haplotyper.

Det fina med din hund är att dessa haplotyper är otroligt omfattande. Det är möjligt att föreställa sig att om du har valt en mutation som kontrollerar korta ben i århundraden, kommer du att ta med dig alla mutationer i närheten. Det betyder vanligtvis att en mutation ofta kan förutsäga arrangemanget av nästa mutation eftersom de alla kommer samman i en stor bit av DNA. Vi kallar denna länkojämvikt, där mutationer eller genetiska varianter inte segregerar oberoende av varandra.

Men om vi går tillbaka till hur detta skiljer sig mellan hundar och människor baserat på hundrasen, att kopplingsojämvikten hos hunden lämnas upp till 100X större än en människa. Det betyder att även med en mindre tät single nucleotide polymorphisms (SNP)-processor, kan vi fortfarande identifiera stamsammansättningen förutom att ett mänskligt SNP-chip kan identifiera etnicitet. Embark SNP-processorn har över 200 000 SNP:er (jag tror att några av de mänskliga SNP-chippen har upp till fem gånger så mycket). Det skulle vara bra att ha högre täckning (du kan inte ha för mycket data!). Men på grund av den unika offentliga strukturen hos hundraser behöver vi den faktiskt inte för att identifiera rasen med stor precision.

Hur Specifik Och Exakt är Ett DNA-test Vid Identifiering Av Blandrashundar?

Vi lovar precision till farfars- och morföräldrars nivå (12,5 procent) men kan ofta återgå till cirka 5 % rasdeltagande. Nu, baserat på din hund, kan det betyda att din hunds DNA stämmer överens med att ha en Chow Chow-farfarsförälder eller så kan det antyda att din hund förmodligen hade en Chow Chow-kombination för en farförälder eller ibland betyder det att din hunds farfarsförälder förmodligen var en blandras. Detta beror verkligen på hur blandad hunden är.

Tidigare nämnde jag hur generationen av hundraser har gjort att betydande DNA-sträckor har satts under positivt urval, vilket genererar rasspecifika haplotyper. Skulle du fortsätta att föda upp en renrasig hund till en renrasig hund av samma ras, förblir dessa haplotyper intakta genom ytterligare en generation och nästa. Men när du börjar introducera andra stammar i en hund, börjar dessa haplotyper verkligen att bryta upp . Det har att göra med något som kallas meiotisk rekombination, som sker varje generation i spermier och ägg. Under denna process kommer kromosomen som du ärver från din mamma och kromosomen som du ärver från pappan faktiskt att gå med och byta information. Detta säkerställer genetisk mångfald inom nästa generation och är anledningen till att de flesta människor inte verkar vara kopior av våra föräldrar.

Hos renrasiga hundar sker meiotisk rekombination, men eftersom de två kromosomerna i grunden är identiska ser man väldigt lite bevis på rekombination. I blandraser leder rekombinationen till en förkortning av varje urras haplotyper. Förkortningen kommer att fortsätta med varje skapelse. Om en hund har kombinerat rasens förfäder hela vägen upp i släktträdet, så blir haplotypen ibland så kort att vi inte unikt kan tilldela den till en enda ras. Den delen av DNA är vad vi på Embark kallar Supermutt. Ibland kan vi identifiera mycket mindre gåvor (upp till 5 procent) av renrasig DNA i en hunds Supermutt-del (om vi kunde, väl berätta om din hunds spårraser), men ibland kan vi inte. Läs mer om kromosomer hos hundar.

Kan Du För Närvarande Peka Ut Specifika Raser Hos En Blandrashund?

Vi undersöker en blandras hundars haplotyper – längd, sekvens och andra attribut – för personer av kända renrasiga i vår benchmarkpanel. Dessa data går igenom en serie algoritmer som rapporterar den sannolika procentandelen som varje stam bidrog till hundens unika blandning av haplotyper.

Kan Människor Använda Resultaten Från Ett DNA-test För Att Certifiera En Hund Som Renrasig?

Nej. Kom ihåg att vi jämför en hunds haplotyper med en referenspanel av renrasiga hundar och frågar hur många procent av hundens haplotyper som är unika för en eller annan ras. Vi kan säga att en hund har extrem ärftlig likhet med vår referens Golden Retriever, till och med att 100 procent av deras haplotyper matchar kända Golden Retriever-haplotyper. Men genetik ensam definierar inte om en hund är renrasig.
Certifiering av renras kräver normalt stamtavla och registreringspapper för kända renrasiga föräldrar.

Skulle Du Beskriva Vad Det Betyder Om Din Hund Har Varg I Sig?

Följaktligen, om din hund har en procentandel av grå varg i sig, betyder det att vi verkligen kan identifiera varghaplotyper. Det betyder att din hund har varg i sig. Inte en ovanlig händelse.

Om din hund har ett högt Wolfiness-poäng, så är det en helt annan fråga. Wolfiness frågar en mängd olika SNP:er som vi vet är hypervariabla mellan hundar och kattungar. Vissa av dessa arktiska raser, som Siberian Huskies och Alaskan Malamutes, tenderar att ha något fler av dessa SNP än andra hundraser, därför tenderar Sibes och Mals att vara ungefär 2-4 procent Wolfy. Vi får ibland en liten hund med ungefär 14 procent vargighet, men det betyder inte att de har 14 procent varg. Det betyder vanligtvis att de råkar ha behållit ett stort antal av dessa SNP som är vanligare hos vargar än hos hundar.

Hur Sanna är Resultaten För Att Upptäcka Genetiska Mutationer Och Hälsotillstånd?

Vi använder flera sönder för varje mutation (därav att säkerställa högsta replikerbarhet av resultat), därför är vår precision större än 99,99% för polymorfismer med en enda nukleotid (SNP och vad en SNP-processor är uppkallad efter) . För strukturella variationer, till exempel en massiv insättning eller radering av DNA-kedjan, eller en kopia nummervariant där du ser fyra kopior av en sekvens på en hund och fem i en annan, är vår precision lite lägre, närmare 99 %. I sådana scenarier arbetar vi med att införliva andra data som informerar det allra första resultatet med ett ortogonalt tillvägagångssätt som detta, vi vår noggrannhet till mer än 99,99 procent igen.

Kom dock ihåg att ett genetiskt resultat inte är en sjukdomsdiagnos. I verkligheten är många av mutationerna som Embark visar kända för att ha ofullständig penetrans, vilket betyder att även om en hund är i fara för ett tillstånd betyder det inte att det är mycket tillsammans med hunden som kommer att utveckla hälsotillståndet.

Video: Hund DNA-testresultat Och Hälsa

Titta på den här snabba 20-sekunders videon som visar hur du kan se din hunds hälsodata när du ser resultat från Embarks-testet.

Vad Ska ägare Göra Om Vissa Hälsorisker Upptäcks?

Prata med deras veterinär, prata med deras veterinär, prata med deras veterinär. Allvarligt. Embark är ett DNA-testningsföretag. Det finns absolut inget som helst substitut för en medicinsk utvärdering av din hund.

Vad Skiljer De Bästa Hund-DNA-testerna Från Resten?

Undersök kalibermetodik för stamidentifiering, omfattande friskvårdstestning och även de bästa kundtjänsterna. Att få all denna information kan vara en enorm chock. Vi har forskare och veterinärer på jour för att hjälpa dig tolka dina resultat och förstå allt. Också
vårt engagemang för att föra valpgenetikforskningen framåt . Embarks rötter finns i grundvetenskaplig studie Det är där vi kommer ifrån. Den stora majoriteten av våra kunder har valt att delta i forskning, vilket innebär att data som samlats in från våra Embark-hundar kan användas för att göra nya genetiska upptäckter om våra bästa vänner! Och eftersom Embark samlar in så mycket data per hund i motsats till andra genetiska utvärderingar, grävde man redan upp en hel del intressanta genetiska associationer!

Var Skulle Du Besöka Hund-DNA-tester Senare?

Jisses, jag tror bara att jag såg början. Med antalet information som skapades, och entusiasmen hos våra kunder, tror jag att vi skulle kunna börja svara på några riktigt viktiga frågor för hundar och deras människor. Vilka är de genetiska riskfaktorerna som ligger bakom vanliga cancerformer, eller vissa beteenden eller endokrina sjukdomar? Olika hundraser har kända anlag för många av de ovan nämnda.

Från Den Punkten, Kan Vi Använda DNA-tester Som Ett Medicinskt Verktyg?

Jag menar, det gör vi! Veterinärer använder redan hundrasen som en del av den kliniska signaleringen. Början av varje hunds situation börjar med något i stil med: Harley är en tvåårig tik av steriliserad Staffy-blandning. Harley är vår vd:s hund och fortsätter att svabbas fler tillfällen än vi kunde räkna. Uppenbarligen har hon gått ombord, så idag, kan vi faktiskt konstatera, är Harley en tvåårig blandning av spayed Staffordshire Terrier-Great Pyrenees-Golden Retriever-Australian Cattle Dog. Även om det är lite mer av en munfull, är uppgifterna där större. Stora Pyrenéerna, Golden Retriever, Australian Cattle Dogs; de har alla sin egen uppsättning sjukdomar och överväganden som en veterinär kommer att börja införliva i den kliniska bilden, tillsammans med all information om sjukdomar och egenskaper som DNA-tester kan erbjuda.

Ta reda på mer om Embark, inklusive anledningen till att de är vårt bästa val i våra hund-DNA-testrecensioner.

Vilken ras tror du egentligen att din hund är? Har han eller hon analyserats än?